カセットとディスクカード両方で発売

ファミコンのソフトのいくつかは、カセットとディスクカードの両方で発売されています。ここでは両方で発売（移植・アレンジ・リメイク）されたものを取り上げます。

　アイスクライマー
　悪魔城ドラキュラ
　囲碁九路盤対局
　オセロ
　ギャラガ
　ギャラクシアン
　グーニーズ
　クルクルランド
　ゴルフ
　サッカー
　スーパーマリオブラザーズ
　ゼビウス
　ゼルダの伝説／ゼルダの伝説1
　ソロモンの鍵
　谷川浩司の将棋指南2
　ツインビー
　ディグダグ
　ディグダグII

　テニス
　ドンキーコング
　ドンキーコングJr.
　バーガータイム
　バイオミラクルぼくってウパ
　パチコン
　ピンボール
　ぷよぷよ (ファミマガDisk5)
　ベースボール
　ボンバーマン
　麻雀
　もえろツインビーシナモン博士を救え!
　レッキングクルー

　VSエキサイトバイク／エキサイトバイク
　帰ってきたマリオブラザーズ／マリオブラザーズ
　夢工場ドキドキパニック／スーパーマリオUSA

多くのゲームはカセット版もディスクカード版も同じ内容です。しかしゲームによっては追加要素を加えてアレンジ移植されたものもありました。以下は変更点があるソフトです。 ※もっともコレで全部とは限りません。私が知らないだけで変更点があるソフトがほかにもあるかも？

◆ゼルダの伝説

先にディスク版が発売され、後にカセットに移植された作品の一つ。カセット版は「ゼルダの伝説1」という名称でファミコン末期の頃に移植されています。

・“音源”が異なるためBGMの一部や効果音の音色が違う。
　　ディスク版は豪華、カセット版は簡略。
・タイトル画面はタイトル名からして違う。
・英数字の書体 (フォント) が変更されている。
・オープニングのアイテム紹介の「バイブル」の英名が変更。
　　　ディスク版は「BIBLE」、カセット版は「BOOK OF MAGIC」
・ゾーラ（湖の半漁人）のグラフィックが変更。
・迷宮の、敵が最初からいなくてカギだけが落ちている部屋。
　　　カセット版ではキース（コウモリ）が配置された。
・ほか、以下のディスク版のバグが修正されているのを確認できました。

「地上の橋げたの上にあるハートの器が、笛の竜巻で取れてしまう。さらに直接そこへ行くともう1回取れてしまう(v1.0のみ)。」
「ワープ階段が出る岩を押しながら竜巻に乗る。画面左上に階段が現われる。またクリア済み迷宮の左側MAPにも同じ位置に階段が出る。入るとディスクの読み込みが行われるが、同じMAPに戻るだけで意味はない。」
「左端で右方向へマジカルブーメランを投げ、右端へ着いたあたりで笛を吹く。笛の竜巻に乗った後ブーメランをキャッチすると画面中央あたりで竜巻からリンクが降りてしまう。」
「裏ゼルダの、LEVEL6がある墓地。ここでギーニを大量に出してから笛を吹くとゲームが停止 (フリーズ) する。」

日本語 (カタカナ) の書体は同じようです。ゾーラ以外のグラフィックは同じようです。

◆ドンキーコング

本体同時発売の時の数タイトルを除き最初に発売された、カセットからの移植タイトルがこのドンキーコング。ディスクシステム版はパッケージでの販売はなく、ディスクライターによる書き替えのみでした。

　スコア獲得時のポップアップの色が異なる。カセット版は白、ディスク版はオレンジ色。

情報： rimu0926 さんご提供
　　ありがとうございます！

◆アイスクライマー

ディスク版は大幅な追加要素があります。ファミコン版の移植ではなく、アーケード版である『VS.アイスクライマー』をベースにした移植です。プレイした範囲では、カセット版とディスク版とで以下の違いが確認できました。

・ステージ数増加。カセット版は32、ディスク版は48。
・ステージセレクトはカセット版はタイトル画面で行う。
　　ディスク版は1P2P選択後にステージ一覧画面から遊ぶ面を選択する。
・選んだステージから順番に進んでいくカセット版と異なり、
　　ステージを1つクリアするとまたステージ選択画面になる。
　　　なおカセット版は32面全てを選択できるが、ディスク版では最初は1～24まで。
　　　このうち8ステージをクリアすると、25～48面のみが選択可能な状態に切り替わる。
　　　この25～48面の中から8つクリアするとまた1～24面に戻る。
・8番目、16番目など8の倍数のステージを選んだ際、コンドルの足を掴み登頂成功で
　　クリアすると、ステージ選択画面切り替えの前にステージ全体がボーナスエリアで
　　構成されたスーパーボーナスステージに突入。
・タイトル画面を削り出す演出追加。ただしBGMがなく無音。
・デモプレイ映像、ディスク版では二人同時プレイをしている。
・残機表示が数字に。
・クライミングステージ、ボーナスステージのBGMがロング版になっている。
・クリア後のリザルト画面に、ボーナスステージの登頂成功＆失敗BGMがそれぞれ追加。
・フロア (床) を修復する敵であるトッピー。
　　カセット版はオットセイだがディスク版は白く丸っこい毛むくじゃらの生き物に。
・なおフロア (床) を修復するときの効果音も異なる。
・ニットピッカー (トリ) の行動パターン増加。真横へ突撃してくる。
　　おまけにある程度上下へ軌道修正もする。
　　具体的には『VS.アイスクライマー』の敵であるハチの攻撃を行ってきます。
　　ハチはディスク版には登場しない代わりに、鳥がハチの行動を兼ねています。一人二役！
・氷やツララを壊すと砕け散る演出あり。
・ランダムで嵐が吹き荒れるステージになる場合がある。
・雲の動きが上下に波打つステージがある。9つめ以降に選択したステージから登場するようになるもよう。
・25面以降のコンドルは青紫色。スピードは普通の色のとたぶん同じ。
・ボーナスステージの野菜の種類が増えている。カセット版は10、ディスク版は20。
　　しかし野菜20種類に対し、ステージは全部で48。21種類目からは野菜のグラフィックがバグってしまう。
・フロア (床) を壊すと倍率アップマークが出現することがある。クリア後のリザルト場面で野菜の得点倍率が上昇。
・ボーナスステージの登頂に失敗した際、すぐにリザルト画面に切り替わらず数秒待たされる。

というわけで、ディスク版はアーケード版である『VS.アイスクライマー』とほぼ同じです。 “ほぼ”なので全く同じわけではありません。ついでなのでアーケード版とディスク版との違いを気づいた範囲で挙げておきます。
　・アーケード版には新たな敵のビー (ハチ) がいる。横から一直線に突撃してくる。
　　　その代わりトリは直線的な突撃はしない。ディスク版はトリがハチの攻撃を兼ねているため突撃してくる。
　・一部の野菜のグラフィック…というか色が大幅に異なる。03のレタス、12のサツマイモ。…10のキノコもカサの色が違うか。
　・アーケード版でも野菜は20種類。なお21番目からのステージの野菜は最初のナスに戻るため、グラフィックのバグは起きない。
　・アーケード版では25～48面の頂上は青いコンドルではなく、巨大な蝶々である。
　・アーケード版はゲームオーバーになると名前入力。またタイトル画面ではデモシーンの前にハイスコアランキングが表示される。

なお困ったことに、ディスク版の説明書はカセット版の内容がそのまま流用されているため、ゲームの内容と一致しておりません。

◆クルクルランド

カセット版はファミコン初期の1984年に発売。一方ディスクシステム版は、ゲームセンター版の『VS.クルクルランド』の移植です。
このためカセット版と比較すると以下のような変更点が存在します。

・BGMの大幅な追加・変更・削除。
　　カセット版のステージ曲はカットされ、ステージBGMは新曲で2つになった。
　　ボーナスステージの曲は後半部が追加されロングバージョンに。
　　ゲームオーバー後のリザルト画面後に曲が追加。
　　タイトル画面のBGMは逆にカット。無音に。
・カセット版にはいなかったボスウニラが登場。
・ステージの種類が各色4つの20から、各色8つの40へ倍増。
・裏面がエキスパートモードとして独立。
　　このモードでは出現した金塊の上を通過すると
　　裏返ってしまい未取得扱いになる。再度通過すると表へ戻る。
　　　なおカセット版でも2周目（全20ステージクリア後以降の裏面）まで進めば同じ仕様になる。
・カセット版で操作不能に陥る位置に設置されていたラバーが削除され金塊に置き換えられた。
・プレイヤー残機。カセットは5、ディスクは3。ただしディスク版のみ裏ワザで9になる。
　　　裏技：タイトル画面で1Por2Pを選ぶとき、IIコンの「→・A・B」の3ボタンを押しながら決定。
・ハイスコアのトップテン画面あり。スコアはディスクカード内に記録されるので電源を切っても残る。
・画面右上に現在攻略中のステージ（面）が表示される。「LAND-〇〇」。

なおディスクシステム版も『VS.クルクルランド』とまったく同じ(完全移植)ではなく、以下の差異があるそうです。
しまパン・YABAN・遅番さん、ありがとうございます。
・ウニラが4匹登場するようになるのは、ディスク版は18面、アーケード版は13面から。
・アーケード版は制限時間が短め。
・アーケード版のほうがスピードが速い。

ディスクシステムの末期も末期、最後から2番目のソフトであり、しかも新作ではなく古いカセットソフトの移植で、おまけに書き換え専用。そしてアレンジ移植ではあるものの、それに触れるアナウンスも恐らくなし。
当時のゲーム雑誌では発売リストにこっそり乗った程度で、ゲーム内容の紹介はなかった…はず。
ということで当時はユーザーから注目されず、結果ほとんど出回らなかった悲運のゲームソフト。

◆VS.エキサイトバイク

アーケード版であるVSシリーズからの移植作に関わらず、VSの名前が付かなかったクルクルランドやアイスクライマー。対してこちらエキサイトバイクは珍しくそのままVS.シリーズの名前が付けられているのですが、その内容はVS版そのままの移植ではなく、さらにBGMとエディットを追加したアレンジ移植になっています。
またこの手の、ディスク版が後発となる移植系ソフトにしては珍しく、書き換え専売でなくパッケージでも発売されています。

・タイトル画面が大きく変化。画面もオープニング演出も曲も。
　　モード変更により、その後のメニュー画面なども変化している。
・BGMの変更・追加。既存の曲はすべて変更され新規の曲に。
　　また基本的に曲がかかる場面が少ないカセット版と異なり、
　　ほぼすべてのシーンで音楽が使用される。
　　しかも曲はディスクシステムの拡張音源をふんだんに使用した豪華なもの。
・効果音も変更。さらに転んだ後バイクに駆け戻るときの足音が追加されている。
　　（ちなみにアーケード版は一部追加曲があるものの、
　　　基本的にファミコンカセット版と同じ曲と効果音が使用されている）
・なお曲についてはファミコンカセット版のみ、珍しい特徴もある。
　　タイトル画面の曲のメロディが4タイプ存在しており、
　　リセットボタンを押すごとにランダムで切り替わる。
・レースの進行については以下のように仕様が異なる。
　　まずはカセット版。
　　単独レースのセレクションAか、敵レーサーが登場するセレクションBか選ぶ。
　　またどちらも挑戦するコース（トラック1～5）が選択できる。
　　トラック1を選択するとまず最初は練習用コースからの開始となり、その後トラック1へ。
　　トラック2以降を選択していればそのまま各トラックから開始となり、
　　それぞれクリアすることで次のトラックへと進む。
　　なおセレクションAとBとは独立しており、交互にレースをすることはない。
　　セレクションAなら全トラックで単独レースのみ、Bならすべて敵ありレースだけ。
　　続いてディスク版。
　　セレクションA・Bという概念はない。まず単機で走り、クリアすると続けて同じコースで敵CPUとの4人対戦となる。
　　予選と本選という扱いになった。
・スコア(得点)とプレイヤー残機の概念が導入され、レースに負けても残機が残っていれば再挑戦できる。
・ステージ3と6の後に完全真横視点のボーナスステージが挿入される。
・2コントローラーを使った対人戦が可能。ちなみにこのモード名は VSエキサイトバイク。
・コースのデザイン（エディット）モードは画面構成自体が変化。かなり作り易くなっている。

◆帰ってきたマリオブラザーズ

マリオブラザーズのリメイク作品。永谷園がスポンサーに付いたゲームで、ゲーム内に永谷園商品とマリオたちとがコラボしたCMが挿入されます。代わりに書き換え料金は100円お安くなっており400円で買えました。
またプレゼントキャンペーンも行われていました。演出部分が目立ちますが、ゲーム本体の部分もアーケード版をベースにパワーアップしています。

・ジャンプ中に軌道修正が可能。この操作性の改良により、かなり遊びやすい。
・グラフィックが向上。敵のイラストはアーケード版準拠に。
・アーケード版にあったがカセット版では削られた、暗闇のボーナス面やつららが復活。
・カメと触れた時に噛みつかれる、ファイアーボールや氷に触れた時にマリオの色が変わる、
　　カメが起き上がるとき甲羅を蹴っ飛ばして戻す、といった細かい演出もカバー。
・ハイスコアがディスクカードに記録される。残せるスコアはトップ5まで。
・ゲームモードは「オリジナル」「永谷園ワールド」の二つ。
　　永谷園ワールドは、オリジナルゲームに以下の要素が追加されたもの。
　　・B面にディスクカードを入れ替える指示が出ている場面でもミニCMが流れる。
　　・10万点、20万点に達するとおめでとうメッセージとプレゼントキャンペーン応募用の
　　　　暗号（パスワード）が表示される。
　　・ゲームオーバーになると、コンティニューのチャンス「復活スロット」に挑める。
　　　　結果により残機が0～4人に。0の場合はそのままゲームオーバー。

なおプレゼントへの応募はパスワードだけでなく、説明書の下側にある応募券も必要でした。
このため現在では応募券が切り取られている欠けた説明書を見かけることも少なくありません。

◆スーパーマリオブラザーズ

ついでに。カセット版と同じ…と思いきや、バグ面の内容が異なります。いわゆる「マイナス面」とよばれるバグ面がカセット版から変化しておりクリアも可能です。もっともディスク版は途中でフリーズすることがあり、クリアまでたどり着けるかはその時次第。

ちなみにマイナス面への突入方法をネットの動画で見てみたら、皆どうも立ちジャンプから壁の中に入っています。私や私の周りは当時、後ろ向きのしゃがみジャンプで入っていました。
　しゃがめば天井に当たらないため、間違えて天井を壊す心配がないので何度もやり直して挑戦できるため。
後ろ向きなのは、正面ジャンプよりも壁に引っかかり成功しやすい印象があったため。というかしゃがみ状態では後ろ向きじゃないと壁にめり込めない…？

◆夢工場ドキドキパニック／スーパーマリオUSA

オリジナルは『夢工場ドキドキパニック』。これが海外ではキャラクターをスーパーマリオたちに置き換えられ『スーパーマリオブラザーズ2』として販売されました。 (なので日本のマリオ2とはまったく別物なのです)
このスーパーマリオキャラバージョンを逆輸入する形でカセットで発売したものが、『スーパーマリオUSA』です。
ディスク版からの主だった変更点は…

・キャラクターやBGMの一部、アイテムなどがマリオ系列のものに変更。
・Bボタンでダッシュできる。
・一部のワールド (面) 構成が変化。
・ワールドごとにプレイヤーキャラを変更できる。
　そして誰か一人でもクリアすればエンディング。
　　（ディスク版である夢工場では、全員でそれぞれ全面クリアしないとエンディングにならない）

など。細かいところを挙げればまだまだいろいろあるようです。

◆レッキングクルー

ディスクシステム版はデザインモードで作成したオリジナルステージをディスクカードにそのまま保存可能。カセット版で保存する場合は周辺機器であるテープレコーダーとファミリーベーシックが必要だったようです。
ゲーム内容自体はカセット版・ディスク版ともに同じようです。

◆ピンボール

ディスク版ではファミコン前部端子に接続して使う追加コントローラー（ジョイカードなど）が使用できるそうです。（ファミコン版では使えません）
　情報：mashi さん。ありがとうございます。

◆ぷよぷよ

旧ぷよシリーズ独自のコマ「HUMAN」。怖い…。

長く続いているぷよぷよシリーズ。実はこのディスク版が最初に発売された元祖ぷよぷよ (※ MSX2版との同時発売らしい)。ディスク版はファミマガディスクシリーズの1つとして発売されました。後のシリーズとはいろいろ違うところが多いですが、もっとも目立つ違いは、やっぱり「ぷよ」の代わりに「人間」が選べるところでしょう。いやタイトル変わるし。
後にファミコンカセットに移植。カセット版とディスク版とでは細かい違いが数多く存在するようですが、とりあえず大きな？違いは以下。

・カセット版はタイトル画面で放っておくとデモプレイが流れる。タイトル画面自体も異なる。
・ミッションモード。いわゆる『なぞぷよ』。
　　ディスク版はクリアしたステージをセーブでき、そこまでの全ステージを自由に遊べる。
　　カセット版はクリアするたびにパスワードが表示される。
　　このパスワードを使うことでそのレベルまでのステージが遊べる。
・カセット版はおじゃまぷよを一度に送り込める最大数が18～255の間で設定可能。
・対戦時、カセット版は次に降ってくるおじゃまぷよの数が画面下に表示される。
・あとは感覚的なものだが、ぷよの落ちるスピード変化のタイミングが違う？　気のせいかも。
・これも感覚的なものだが、おじゃまぷよが相手のステージに登場するタイミングが違う？　気のせいかも。

◆悪魔城ドラキュラ

ファミコン末期の頃、コナミはディスクシステムのソフトのうち「悪魔城ドラキュラ」「もえろツインビー」「ぼくってウパ」の3作品カセットへ移植しています。

こちらのドラキュラでは、大きな変更点として、セーブ機能がなくなり、その代わりなのか、新たにEASYモードが追加されています。
具体的な違いは…↓

・カセット版ではタイトル画面で放っておくとデモプレイが見られる。
・ディスク版ではドラキュラを倒すとわずか5点…。カセット版は50000点です。
・カセット版にはセーブ＆ロード機能なし。遊ぶ時は常に最初から。
・その代わりか、EASYモード搭載。
　　このEASYと、ディスク版やカセットのNORMALとを比較すると以下の違いが。
　　・プレイヤーストック (残機) が9 (ノーマル＆ディスク版は3)
　　・スタート時や死亡再開時のハート所持数は30（ノーマル＆ディスク版は5）
　　・ダメージを受けた際に後ろへ吹き飛ばされず、その場に留まる
　　・受けるダメージが半減
　　・ボスに与えるダメージが大きい。恐らく2倍。
　　・ブロック6のオオコウモリが弾を吐き出さない？
　　・サブウェポンを交換したとき取得済みの連射アイテムが消えず、新たなサブウェポンにも継続される。懐中時計も連射できるけど、意味ない…
　　・さらに死亡してもサブウェポンと連射アイテムは消えず所持したまま
・ディスク版にあった、悪魔城最上階で見えない階段を登れるバグは修正され、発生しないらしい。

なお音についてですが、ディスクシステム版はディスクシステム専用音源を使用していないため、結果後発のカセット版と変わりはありません。

◆もえろツインビーシナモン博士を救え！

ツインビーシリーズ2作目となるこちらは、横スクロールに3人同時プレイと、他のツインビー作品では見られない独自路線作。
こちらも先のドラキュラ同様に、後発のカセット版には難易度選択機能が搭載されています。
EASYはディスク版やNORMAL版と比べて、

・プレイヤーの残機が5機
・敵の出現パターンが変化
・最終面で小さい太陽の敵が出現しない
・敵や地上の障害物が弾を繰り出す頻度も少なめ

といった違いがあるようです。

またディスク版との違いは、難易度以外には以下のようなものが。

・タイトル画面のコナミのロゴの有無
・オープニングデモのスキップが可能
・1面スタート前の残機とスコアの確認画面でBGMが切り替わる
・ボス登場時の画面点滅が濃い (暗めの) 配色になり目に優しい
・2・4・5・6面 (縦スクロール面) のドル袋の色が違う。
　　ディスクは白、カセットはピンク＆赤に近い濃いピンク
・6面のシナモン博士のセリフが英語化
・エンディングスタッフ名が変化。あと誤字の訂正と表現の変更

ちなみにシナモン博士の顔マークは出現位置は固定されておらずランダム出現。カセットとディスクとの違いではありません。

両方を直接プレイして気が付いた範囲のものですので、まだあるかもしれません。
なお音に関してはカセット版もディスク版も同じようです。

◆バイオミラクルぼくってウパ

コナミのディスクシステム→カセットへの移植、3つめ。
悪魔城ドラキュラが敵との戦いが激しいゲームなら、こちらはステージルートが忙しいゲーム。
さてディスク版と後発のカセット版と違いは…

・カセット版にはEASYモードあり。
　・プレイヤー残機は、ディスク＆NORMALは2人、EASYは4人。
　・初期ライフは、ディスク＆NORMALは2、EASYは3
　・さらに被ダメージがEASYは半分になる。
　　　EASYではライフ自体が多いことも含め、ディスク版＆NORMALでの6に相当。
　・キャンディに足を捕らわれない。ジャンプも移動も通常通り可能。
　・各ワールド最後のボスの耐久度は、ディスク＆NORMALは5、EASYは4。
　・カセット版では一部登場しない敵がいる。
　・EASYでは、乗ると落ちる足場が落下しない。
　・EASYには上下に移動するリフトが多く配置されている。
・裏技のステージセレクト、ディスク版は6-3まで。カセット版では7-2まで選択可能に。
　　裏技：1コンの上とA、2コンの下とBを押しながら、1コンのセレクトを押す。画面にステージ表示が出た後、
　　　ディスク版ではセレクトボタンで面送り。カセット版ではAボタンで面送り。
・ディスクシステム版は専用音源を使用しているため、カセットよりも1音多く音色も豪華。
・エンディングスタッフロール名の一部がカセット版で変更されている。カセット版のスタッフ表示と思われる。

◆グーニーズ

カセット版は1986年の発売、ディスク版は1988年。こちらもいろいろと変更点がありました。

・ディスク版はタイトル画面の著作年が1988年に更新。コナミのロゴも変更。
・カセット版ではタイトル画面で放っておくとデモプレイ映像が流るが、
　　ディスク版は無し。
・ステージ2のスタート位置が変更され、危険が減った。
・全面クリア後に加算されるボーナス点、カセット版は50002点、ディスク版は50000点。

ステージ2の開始位置の変更点が遊ぶうえでかなり一番大きいかなあ。いきなり炎の側から開始するカセット版、心臓に悪いです。
なお他のステージの開始位置や隠しアイテムの位置、アイテム出現コマンドなどは同じようです。

◆ツインビー

メーカーロゴと初期ハイスコア、著作表示 (©～) の方法が異なります。
そのままタイトル画面で放っておくことで流れるデモプレイ内容はどちらも同じ。
肝心のゲームの中身ですが、ステージ2まで遊んでみた範囲ではまったく同じ。ゲーム内容自体は恐らく同じままなのでしょう。

ただし、ステージ4に入る際にディスクのロードが入るそうです。
　勇者プクリンさん、情報ありがとうございます。

◆パチコン

ディスク版では、隠し要素であるスタッフのメッセージが削除されています。もっともそのメッセージは解析しないと見れないデータであり、ゲーム上では一切登場しませんので正直どうでもいいことかも。
メッセージ内容は上司への愚痴とゲーム内の音質を変更する方法。もっともメモリエディタなどで強制的にいじる必要がある方法なので通常は再現できません…。↓実際のメッセージ
HEX address no AFFC wo data 1FAF ni AFC4 wo data E0EE ni sureba mashina oto ni narimasu.
　（※情報ソース：The Cutting Room Floorより）

◆谷川浩司の将棋指南2

タイトル画面のメーカー名が異なります。ディスク版はポニー、半年後に発売されたカセット版ではポニーキャニオン。
ポニーキャニオンの社歴などによればディスク版発売当時はポニーという会社でしたが、その後グループ会社のキャニオンレコードと合併し、ポニーキャニオンになったらしいです。

ほか、ハードの特性の差として、ディスク版では対局の棋譜データをディスクカードのA・B面に各1つずつで計2つまで保存できる、という違いがあります。
あと細かいところですが、ディスク版はAB面両面を使用するゲームなので、B面・A面に入れ替える指示があります…。

◆バーガータイム

こちらもメーカー名が異なります。
…これは社名が変更された、というものではなくそもそも発売メーカー自体が異なります。カセット版はナムコから発売されていますが、ディスク版は大元となるデータイーストが自ら発売。このためタイトル画面のメーカーロゴやその下の版権表示が異なります。

ゲーム内容自体は同じようです。
タイトル画面で放っておいて流れるデモプレイの内容も一致。

ついでに。カセット版がナムコから発売された理由としては、おそらくは各メーカーと任天堂とに取り交わされていた「年間の発売本数制限」のためでしょう。初期の頃のナムコはこの制限がなかったため、各メーカーはナムコに発売を委託してゲームをリリースするという変則的なことをしていたようです。

◆ディグダグ2

タイトル画面のリリース年が、ファミコンカセット版の発売年(1986)から、ディスクシステム版の発売年(1990)に入れ替わっています。

ほか、ラウンドセレクトの裏ワザも削除されているかもしれません。
(タイトル画面で、IコンのA・セレクト・スタートを同時に押す)
ディスク版では何度試しても一向に成功しません…
（※右の画像はカセット版のラウンドセレクトの画面）

◆ギャラクシアン

タイトル画面のリリース年が、ファミコンカセット版の発売年(1984)からディスクシステム版の発売年(1990)に更新されています。

ほか、徳間書店とナムコで係争になった「隠しミュージック」が流れる裏ワザが完全には修正されておらず、中途半端に入ったままになっています。

「IIコンのABボタンを押しながらリセット45回以上」の手段は修正されていて何も起きないものの、
「タイトル画面でリセットボタンを10回押した後、IIコンのマイクに音を入れる」方法では隠しミュージックが再現されてしまいます。

カセットの再販版（v1.1）では上記のどちらの方法も修正されているため、ディスク版はカセット版のv1.0とv1.1の間くらい。言わばバージョン1.05といったところでしょうか。

◆ディグダグ

タイトル画面のリリース年が、ディスクシステム版の発売年に入れ替わっています。

このほか、未確認ですが一部の曲の音色がカセットとディスクで異なるらしいです。音色というか、伴奏の一部の音程がオクターブ高いか低いか。
このほか敵をやっつける時の音が、岩を使う場合とポンプの場合が逆になっているのだとか。

◆ソロモンの鍵、ギャラガ、ゼビウス

いずれのソフトもタイトル画面のリリース年が、ディスクシステム版の発売年に入れ替わっています。

タイトル画面以外の差異は恐らくありません。

◆囲碁九路盤対局

これはハードによる特性の差なので違いとして挙げるのはどうかとも思ったのですが、ロード時間が存在すること以外に表示が異なる部分もあったので、一応挙げておきます。
操作方法の指示として、ディスク版はB面に入れ替えるメッセージ、カセット版はリセットを押しながら電源を切るというメッセージがあります。

◆◆違いは無さそうなソフト◆◆

あくまで「なさそうな」なので、もしかすると違いがあるかも？
一応ディスク版ならでは、のところを挙げれば、ディスクカードの読み込みがあるため、それにともない「Now Loading」等の文字が表示される可能性はあるかも。

　ベースボール、サッカー、テニス、麻雀、ゴルフ、ドンキーコングJR.、オセロ、ボンバーマン

ただディスク版で2バージョンがリリースされているゴルフ (v1.0, v1.1) とオセロ(1.02, v1.05) は、ディスク版同士でバージョン違いによる何らかの差異があるハズなので、その分カセット版とも何か差異があるかもしれません。
もっとも違いがあるとしてもバグフィックス程度だとは思います。…やっぱり区別がつかない気がします。